Det är tre poäng som Khimki får räkna in under kontot medflyt.
Dynamo Moskva, anfört av drygt 11 000 åskådare på Lev Yashin-stadion, hade 61 procent av bollinnehavet och enligt matchstatistiken också 21 avslut, varav sju träffade mål.
Dynamo träffade både stolpe och ribba bakom Ilya Lantratov innan derbyt avgjordes i 91:a minuten. Lycklig målskytt blev Maksim Glushenkov, fint framspelad av Pavel Mogilevets.
Det var ett av Khimkis två skott på mål under matchen.
Filip Dagerstål fick för första gången i ligaspelet vara den centrala spelaren i trebackslinjen, tidigare har Norrköpingskillen fått vara defensivt ankare på mittfältet. 24-åringen har nu spelat samtliga 630 minuter i ligan sedan han blev spelklar. I lördags fick han också sitt andra gula kort.
Formstarka Khimki har rört sig uppåt i tabellen av Premjer Liga och med tre omgångar kvar är laget åtta i tabellen.
Filip Dagerstål har kontrakt till och med 30 juni 2023.