Den blivande 17-åringen klarade kvalet och nådde goda höjder även i onsdagens stavfinal i den israeliska huvudstaden.
Linus lyckades tangera sitt personbästa på 5,10 meter och hoppade dessutom lika högt som de två andra medaljörerna – men på grund av två rivningar fick han nöja sig med brons i sitt första internationella mästerskap.
– Det känns hur bra som helst och jag är väldigt nöjd med hoppningen, sa Linus under onsdagskvällen efter stavfinalens slut.
Guldet hamnade hos förhandsfavoriten Michat Gawenda från Polen medan silvret gick till schweizaren Valentin Imsand. Jönssons landsman Viktor Rahm kom sexa.
För Sveriges del var det andra medaljen i mästerskapet. Det första ordnade Isak Hughes på 100 meter under tisdagen.