Efter olika tränarjobb på Island flyttade Magni Fannberg till Stockhom 2011. Han spenderade fem säsonger i Brommapojkarnas organisation, bland annat som A-lagstränare. Efter det har han haft rollen som utvecklingschef i norska Brann mellan 2016 och 2019 och i AIK mellan 2019 och 2022.
Magni Fannberg lämnade sitt jobb som sportchef i norska IK Start under vintern. Hans nästa klubbadress kan bli IFK Norrköping, enligt Sportbladet.
Enligt uppgifter ska han jobba med utveckling, rekrytering och scouting som ett komplement till sportchefen Tony Martinsson.
Fannberg har även arbetat som scout för det isländska landslaget.