Dominique Andrijevic gjorde två mål och Elmedin Kvrgic ett mål för Eneby, målet för FC Linköping gjordes av Isak Arvidsson Najhi.
FC Linköping har haft en tuff start på serien och är helt utan poäng efter tre spelade matcher. Eneby har sex poäng.
I nästa match möter Eneby Myresjö/Vetlanda hemma på lördag 30 april 13.30.