Händelsen inträffade i en bostad i centrala Norrköping i slutet av juni i år, enligt den stämningsansökan som åklagare lämnat in till tingsrätten. Efter att polisen larmats greps 30-åringen.
Bland bevismaterialet mot honom finns bland annat en rad vittnesförhör och fotografier av den treåriga pojkens skador i ansiktet.
En rättsläkare som undersökte treåringen efter händelsen har slagit fast att skadorna talar för att han utsatts för ett slag med exempelvis en öppen hand.
30-åringen har i förhör förnekat att han slagit sin son. Han har i stället fört fram teorier om att dennes skador uppstått på grund av vädret, någon slags allergi alternativt en smutsig kudde.